S léčbou je nutné začít včas!
Léčba kokcidiózy bývá bohužel vždy hrou o čas. Pokud se nemoc nezachytí hned v počátcích, nemá léčba velkou naději na úspěch. Co lze zkusit? Nejběžněji se používají léčebné přípravky s obsahem sulfonamidů, které se aplikují v podobě prášku a v předepsaném množství nejlépe do vody, event. do krmiva (např. Sulfadimidin, ESB3, Klonazit....) a jsou k dostání na veterinární předpis v lékarnách a u veterinářů. Při opakovaných problémech je vhodné přípravky prostřídat, aby nedošlo ke vzniku odolnosti kokcídií vůči účinné látce. Aplikace se řídí příbalovým letákem výrobce, nejběžnější postup bývá aplikace 3 dny po sobě, poté 2 dny pauza a opět 3 dny opakované aplikace. Pokud se lék podává v pitné vodě, králíci by neměli mít v době léčby jiný zdroj pití a neměli by dostávat nic šťavnatého (ideální je jen seno), aby byla zaručena co největší spotřeba léčebného nápoje. Ten by měl být každý den namíchán čerstvý, aby byla zajištěna jeho dostatečná účinnost.
Samozřejmou součástí léčby by měla být hygiena kotců - je nutno pravidelně odstraňovat kontaminovanou podestýlku z dosahu léčených králíků a provést dezinfekci - vzhledem k velké odolnosti kokcídií (jak již bylo zmíněno např. i vůči běžně používanému Savu) jsou účinné přípravky na bázi louhu či pára.
Další možností jsou medikované krmné směsi, tj.předem komerčně připravená krmiva už s obsahem léčiva, sloužící zároveň i jako prevence. Tyto však mají význam hlavně ve velkochovech pro výkrmové králíky, kde se předpokládá krátká doba používání, jen do konce výkrmu. Při dlouhodobém zkrmování totiž hrozí nebezpečí vzniku odolnosti kokciídií a tudíž znehodnocení významu léčby. Pro králíky ve velkochovech jsou tyto medikované krmné směsi také jediným zdrojem krmiva. Pokud by se tyto směsi zkrmovaly i běžným králíkům, kteří dostávají zároveň i jinou potravu, účinnost léčiva se tímto rovněž sníží a pozbývá to smyslu.
Při výskytu kokcidiózy by se měl přeléčit vždy celý chov, nemocní králíci izolovat. Účinné látky v přípravcích proti kokcidióze obvykle potlačí i nežádoucí přemnožené baktérie ve střevech, které mohou závažnost onemocnění potencovat. Po přeléčení je nutno nezapomínat na dodržení ochranné lhůty na maso, tedy doby, po kterou se nesmí králík porazit na maso pro konzumaci, protože v mase mohou být obsaženy ještě zbytky léčiva. Tato lhůta bývá vždy uvedena v příbalovém letáku konkrétního přípravku, obvykle se pohybuje kolem 15 dní.
Kontrolu účinnosti léčby je možno provést vyšetřením vzorků bobků - nejlépe sběr z několika dní pro zvýšení pravděpodobnosti záchytu kokcídií.